In der Nacht vom  9. auf den 10. August 1073 ereignete sich  auf dem Burgberg eine hochdramatische Geschichte. Der vermutlich in Goslar geborene deutsche König Heinrich IV., der 1084  zum deutschen Kaiser gekrönt wurde, musste aus der von ihm hier gebauten Burg, die von Tausenden aufständischer Sachsen belagert wurde, fliehen. Das geschah der Sage nach auf ganz besonders spektakuläre Weise durch einen geheimen Gang im Burgbrunnen. Es gibt zwar einen Wasserzufluss-Kanal für den Brunnen, ob er aber als Fluchttunnel in Frage kommt, ist umstritten. Fest steht allerdings, dass der Kaiser fliehen musste, und zwar Hals über Kopf, um nicht in die Hände der wütenden Bewohner des Landes zu geraten.

König Heinrich IV., fränkischer Herrscher aus dem Geschlecht der Salier,  hatte die Burg in der Nähe seiner Kaiserpfalz Goslar um das Jahr 1065  bauen lassen. 1068 war sie soweit fertig gestellt, dass er dort seinen Hofstaat versammeln konnte. Architekt war der Ratgeber des noch jungen Königs, Benno, der spätere Bischof Benno II. von Osnabrück. Der Bau der Harzburg, diente, wie der Bau einer Reihe von anderen Burgen auch, zur Sicherung der Macht, die von den einheimischen Sachsen immer wieder in Frage gestellt wurde.  Die wichtigste und größte unter diesen Burgen des Harzes wurde jedoch die Harzburg. Hier befand sich der königliche Sitz und der Standort eines ungewöhnlich aufwändigen Kollegiatsstiftes. Die Burgstelle war hervorragend gewählt. Sie befindet sich auf einer weitgehend isolierten, von drei Seiten durch Steilhänge bereits natürlich geschützten Bergkuppe, welche das an einer Seite unter ihr liegende Radautal um etwa 180 Meter überragt. Von hier aus war ein großer Teil des Nordharzgebietes zu übersehen.
Der Bau der Harzburgen, wie auch eine wenig diplomatische Regierungsweise des noch jungen Königs  führten schon bald zu immer stärkerem Widerstand im sächsischen Volk, das für den  Burgenbau zu schwerer Fronarbeit herangezogen wurde. 1073 kam es zu offener Empörung. Ein gewaltiges Sachsenheer, es ist von 20 000 Mann die Rede, zog gegen Goslar. Als Heinrich IV.  von dort auf seine neue  Festung flüchtete, wandten sich die Aufständischen gegen die Burg und schlossen sie am 5. August 1073 ein. Wenige Tage später glückte dem Kaiser jedoch auf die oben beschriebene Weise die Flucht mit den Reichsinsignien. Ãœber den von ihm genommenen Weg über den Harz, er heißt heute der Kaiserweg,  gelangte er über Eschwege und Hersfeld nach Ostfranken. Die jetzt wohl nur noch halbherzig vorgenommenen Angriffe gegen die Harzburg scheiterten trotz der großen Zahl der Belagerer und der relativ geringen der Verteidiger auf der Harzburg. Ein Zeugnis aus jener Belagerung ist noch heute sichtbar. Die so genannte Harzburger Höhle, ein Stollen, der von der Krodotalseite  des Burgberges auf den Fuß des Burgbrunnens zielt, wird als der Versuch gewertet, den Belagerten das Wasser abzugraben.

Das Schicksal der ersten großen Harzburg erfüllte sich aber trotz des heldenhaften Einsatzes der Burgbesatzung. Der König sammelte ein Heer und zog gegen die aufständischen Sachsen. Am 27. Januar 1074 kam es bei Hersfeld  zu einer Schlacht, die mit einer schweren Niederlagen Heinrichs endete. Bei Friedensverhandlungen 1074 in Gerstungen musste er  unter dem Druck der erlittenen Niederlage dem Schleifen seiner Harzburg zustimmen. Im März hielt sich Heinrich wieder in Goslar auf und belohnte die Besatzung der Harzburg wegen ihres Ausharrungsvermögens auf  provokative Weise. Er versuchte auch das Schleifen der Burg aufzuhalten. Drei Tage nach der Abreise des Königs geriet der Volkszorn jedoch  aus den Fugen. Die Burg wurde niedergerissen, die Kirche zerstört, die Gräber geschändet und geplündert. Das rief allgemein große Empörung im Lande hervor. Heinrich IV. konnte ein neues Heer sammelt. 1075 kam es zur Entscheidungsschlacht und diesmal unterlagen die Sachsen total.